天津启源生物科技发展有限公司

产品简介 Product Introduction

种质资源的调研和新种质鉴定对于物种的开发利用和保护有重要意义，种质资源的研究工作主要包括种质资源的调查、鉴定、评价、保存和利用等。目前研究较多的是种质资源的调查、鉴定及抗性资源的利用。传统鉴定方式是通过形态特征或者孢粉超微扫描方法，但是鉴定周期长，易受到环境因素影响且鉴定精度不高，通过高通量测序得到全基因组变异位点，利用snp信息可以做群体结构分析、进化关系分析、核心种质筛选和新种质鉴定。

分析流程 Analysis Process

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测序策略 Sequencing Strategy

技术选择	平台	测序深度/数量量	备注
重测序	Illumina/BGI	10-20X
简化基因组测序	Illumina/BGI	10-20万标记	标记越多准确性越高

分析内容 Analysis Content

1. 测序数据质控

2. 与参考基因组比对

3. SNP检测与注释

4. InDel检测与注释

5. 基于SNP的群体结构分析（样本数目>10个）

1) 群体进化树构建（NJ树）

2) 群体结构分析（Admixture）

3) 群体主成分分析（PCA）

4) LD衰减分析

6. 核心snp筛选

7. 核心种质筛选

8. 群体多样性参数计算（Ne、Na、Ho、He等）

9. 鉴定新种质

结果展示 Results Display

系统进化树

交叉验证错误率折线图

样本遗传组成柱状图

基于特异长度扩增片段（SLAF）测序的甘薯群体结构和遗传多样性全基因组评估及核心种质库构建

文章题目：Genome-wide assessment of population structure and genetic diversity and development of a core germplasm set for sweet potato based on specific length amplified fragment (SLAF) sequencing

研究结果：

本研究利用SLAF-seq技术对甘薯的50个地方品种和147个栽培品种进行简化基因组测序，开发共得到了62,363个SNP标记，基于这些SNP对本研究的197个甘薯种质资源进行群体结构和遗传多样性评估，群体结构分析将材料分为三组；利用系统发育树评估材料之间的遗传关系，同样将所有材料分为三个组。主成分分析 (PCA) 表明，这些种质根据其种群结构进行分布。此外，计算了种质间的平均遗传距离、平均多态信息含量 (PIC) 和平均次要等位基因频率 (MAF) 。使用 CoreHunter 软件，鉴定得到了包含39 个材料的核心种质，约占总种质资源的19.8%。并对核心种质从PCA分析、遗传多样性、等位基因数层面进行了评价。本研究开发的甘薯核心种质将为未来甘薯育种改良提供宝贵的种质资源。

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197份甘薯地理来源

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甘薯核心种质

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甘薯GWAS分析

参考文献

[1] Su W, Wang L, Lei J, et al. Genome-wide assessment of population structure and genetic diversity and development of a core germplasm set for sweet potato based on specific length amplified fragment (SLAF) sequencing. PLoS One. 2017;12(2):e0172066.