结果展示 Results Display

样品Peak峰全基因组分布图

Motif检测

ATAC数据在TSS附近的分布密度图

野生型和突变型花生的染色质空间组织揭示了高分辨率的基因组结构和相互作用改变

文章题目：Chromatin spatial organization of wild type Check for and mutant peanuts reveals high-resolution updates genomic architecture and interaction alterations

发表时间：2021年11月

发表期刊：GENOME BIOLOGY

影响因子：12.3

组学技术：Hi-C技术、ATAC-seq和RNA-seq

研究结果：

本研究对野生型和突变型（矮化株）花生的三维基因组结构进行了详细的分析。通过Hi-C技术、ATAC-seq和RNA-seq等手段，研究发现，花生的染色质空间组织在基因表达调控和细胞稳态中起着关键作用。揭示了A/B区室、拓扑关联域（TADs）和广泛的染色质相互作用，并发现突变型花生中2.0%的染色体区域从非活性状态（B区室）转变为活性状态（A区室），这些区域含有与黄酮类生物合成和昼夜节律功能相关的58个差异表达基因。此外，研究还发现了一个新的TAD，它在突变型花生中产生不同的染色质环，并含有可能上调GA2ox基因表达并降低活性赤霉素（GA）含量的特定上游AP2EREBP结合位点，这可能是导致突变型植株矮化的分子机制。研究结果为理解植物中3D染色质结构与转录调控之间的关系提供了新的见解。

                    花生ATAC-seq分析

参考文献：Xingguo Zhang, et al. Chromatin spatial organization of wild type Check for and mutant peanuts reveals high-resolution updates genomic architecture and interaction alterations.2021.