天津启源生物科技发展有限公司

产品简介 Product Introduction

遗传图谱即遗传连锁图谱，是指以遗传标记间重组率为基础构建的标记之间的相对位置的线性排列图。是功能基因挖掘、分子育种和基因组研究的重要内容和重要工具。遗传图谱中标记间的距离用cM（厘摩）表示，1cM表示两分子标记间的重组率为1%。cM值越高，两个标记之间的遗传距离越远，越有可能发生重组，越低则遗传距离越近。遗传图谱结合标记基因型、表型信息，可用于QTL定位，寻找与目标性状相关的基因座位。在已经存在染色体水平的参考基因组的情况下，遗传图谱构建时可以免去标记从头聚类和排序的步骤，直接按照标记的物理位置进行排序，然后计算两两标记间的遗传距离和总图距，获得遗传图谱，此种方法有利于在QTL定位时对候选区间进行确定和对候选基因进行功能注释，已成为有参物种的QTL定位主流方法。

适用群体和测序要求：F1，F2，Ril，DH，BC群体，建议子代120个以上，亲本测序20X，子代6X以上。

分析流程 Analysis Process

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分析内容 Analysis Content

1. 测序数据质控：

2. 与参考基因组比对统计

3. SNP检测与注释

4.遗传图谱构建

5. 遗传图谱评估

1) 单体来源评估

2) 遗传图谱完整性评估

3) 相邻标记间连锁关系的热图分析

4) 遗传距离与物理距离的关系分析

6.图谱情况汇总（遗传距离统计表、GAP统计）

7. QTL定位

基于甲方提供的表型数据用适合软件进行QTL定位分析

8.关联区域候选基因功能注释及富集分析

对关联区域内的候选基因进行NR、Swissprot、GO、COG/KOG、KEGG数据库的注释及GO、KEGG数据库的富集分析。

结果展示 Results Display

遗传图谱

遗传图和参考基因组共线性图

QTL定位结果

基因功能注释

蒲公英第一个高密度SNP遗传图谱的构建及天然橡胶含量QTL的鉴定

文章题目：Construction of the first high-density SNP genetic map and identification of QTLs for the natural rubber content in Taraxacum kok-saghyz Rodin

发表时间：2023年1月

发表期刊：BMC Genomics

组学技术：遗传图谱构建

研究结果：

蒲公英（TKS）是一种很有前景的商业替代天然橡胶（NR）生产植物。培育高NR含量的TKS是一个重要的育种目标，开发与NR含量相关的分子标记可以有效地加快TKS的育种进程。

为了构建高密度SNP遗传图谱并揭示TKS中与NR含量相关的基因组区域，通过杂交两个NR含量显著差异的亲本（l66和X51）构建了TKS的F1作图群体。F1植株NR含量在0.30～15.14%之间，呈正态分布，变异系数为47.61%，表明数量性状遗传。然后，采用全基因组重测序（WGR），生成了12680个bin标记的TKS遗传连锁图，该标记包含322439个SNPs。

根据F1群体的遗传图谱和NR含量，在LG01/Chr01和LG06/Cr06上鉴定出6个LOD>4.0的NR含量的数量性状位点。其中，ChrA06上qHRC-C6-1和qHRC-C6-2之间的2.17Mb基因组区是主要的QTL区，总PVE为65.62%。此外，这6个QTL对NR含量具有显著的加性遗传效应，可用于开发高NR含量TKS的标记辅助选择（MAS）标记。本研究构建了第一个高密度TKS遗传图谱，并鉴定了控制NR含量的QTL和基因组区域，为TKS的精细定位、基于图谱的克隆和MAS提供了有用的信息。

用bin标记构建TKS遗传图谱

与NR含量相关的QTL的位置

参考文献

[1] Yang Y, Qin B, Chen Q, Nie Q, Zhang J, Zhang L, Liu S. Construction of the first high-density SNP genetic map and identification of QTLs for the natural rubber content in Taraxacum kok-saghyz Rodin. BMC Genomics. 2023 Jan 10;24(1):13. doi: 10.1186/s12864-022-09105-3. PMID: 36627555; PMCID: PMC9830913