产品简介 Product Introduction
T2T基因组（Telomere-to-Telomere基因组）是指从端粒到端粒的连续完整基因组序列，涵盖了染色体从一端到另一端的全部DNA序列，包括以往难以组装的端粒和着丝粒复杂区域，中间无gap。借助Pacbio HiFi数据、ONT Ultra-long 数据和Hic数据，可以实现无缺口基因组的组装。
组装流程 Assembly Process
注释流程 Annotation Process
测序策略 Sequencing Strategy
测序类型 | 平台 | 测序深度/数量量 | 备注 |
调研图测序 | Illumina/BGI | 50X | |
三代测序 | Pacbio Revio | 60X | 复杂基因组深度建议做到80X以上 |
超长测序 | Nanopore | 40X | 复杂基因组建议测序到50X以上 |
Hic测序 | Illumina/BGI | 100-150X | |
转录组辅助注释 | Illumina/BGI | 6gb/样品 | 不同组织尽量都取到，有利于基因组注释，如植物需把根、茎、叶、花、果实、种子等材料取全 |
分析内容 Analysis content
(1) 基因组调研图
(2) 下机数据过滤与统计
(3) 基因组contig组装
1）基于三代序列的基因组contig组装：
a）基于ONT数据的contig组装
b）基于PacBio HiFi数据的contig组装
c）基于ONT+PacBio HiFi数据的contig组装
2）contig组装结果评估与选择
a）连续性评估
b）BUSCO完整性评估
c）最终版contig的选择与优化（如可能得冗余去除等）
(4) 染色体构建（基于HiC数据）
(5) 组装T2T基因组
1）HiC挂载后gap填补；
2）染色体末端延伸与修复；
3）T2T的纠错（polish）；
4）着丝粒（中心粒）的生物信息学鉴定；
5）端粒的生物信息鉴定。
(6) 组装结果的评估
(7) 基因组注释
1）非编码ncRNA注释；
2）重复序列注释（包括串联重复、各类散在重复等）；
3）编码基因预测；
4）编码基因注释结果评估：
(8) 比较基因组分析
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