盐胁迫下番茄根长链非编码RNA的鉴定和表征
文章题目:Identification and Characterization of Long Non-coding RNA in Tomato Roots Under Salt Stress
发表时间:2022年4月
发表期刊:Frontiers in Plant Science
组学技术:lncRNA测序技术
研究结果:
素有“神奇的菜中之果”称号的西红柿,富含多种维生素,具有抗氧化、抗癌等重要作用。而盐胁迫会严重危害植物,明晰西红柿的耐盐胁迫机制对西红柿产业发展具有重要意义。该研究首次在全基因组水平上分析了盐诱导的lncRNA在番茄根系中的功能,这将有助于我们从lncRNA角度来理解西红柿耐盐性的分子机制。基于此,研究团队以野生番茄(S. pennellii)和栽培番茄M82为研究对象,通过高通量测序,鉴定出1044个lncRNA,其中,154和137个lncRNA分别在M82和S. pennellii中差异表达。通过对差异表达的lncRNA(DE-lncRNA)靶基因进行功能分析,发现一些基因通过参与脱落酸(ABA)信号通路、油菜素类固醇(BR)信号通路、乙烯(ETH)信号通路和抗氧化过程对盐胁迫产生正响应。如下图:比较和分析两个品种中lncRNA对盐胁迫的表达水平,发现M82中有154个lncRNA显著差异表达,而pennellii中有137个差异lncRNA。可以看出,pennellii中大部分的 lncRNA表达水平显著下调,而M82中大部分差异lncRNA表达水平显著上调。两种品种中只有33个lncRNA表达存在差异,其中15个lncRNA表达水平相反。但有趣的是,这15种lncRNA的表达水平在M82中均上调,在S. pennellii中下调,表明这15种lncRNA可能与S.pennellii的高耐盐性有关。
lncRNA的表达模式分析
参考文献:
Li N, Wang Z, Wang B, et al. Identification and Characterization of Long Non-Coding RNA in Tomato Roots under Salt Stress[J]. Frontiers in Plant Science, 2022, 13: 834027.