天津启源生物科技发展有限公司

产品简介 Product Introduction

真菌基因组精细图，通过二代+三代以及HiC等丰富全面的测序平台对真菌基因组进行深度研究，获得基因组的序列信息，并利用生物信息分析技术进行基因预测及功能注释。

分析流程 Analysis Process

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测序策略 Sequencing Strategy

产品类型	测序策略	承诺指标
调研图	Illumina/BGI	承诺测序深度
精细图	Illumina/BGI 50X + Pacbio HIFI 30X/ONT 100X	Contig N50 ≥2M
准完成图	Illumina/BGI 50X + Pacbio HIFI 30X/ONT 100X + Hi-C 100X	至少90%的基因组序列定位到染色体

分析内容 Analysis Content

（1）基因组组装；

（2）基因组情况评估；

（3）基因组组分分析；

（4）基因功能注释；

（5）基因家族分类；

（6）特有和共有基因检测；

（7）特有功能基因富集分析；

（8）快速进化基因检测；

（9）快速进化基因功能分析；

（10）物种间进化关系分析；

（11）共线性分析；

结果展示 Results Display

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整合后基因来源于三种预测方式的统计图

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Nr数据库比对到序列的物种分布图

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KEGG注释分类统计图

番茄病原体黄枝孢菌的端粒到端粒（T2T）基因组组装揭示了区域化的基因组结构和可缺的染色体（微小染色体450k）

文章题目：A chromosome-scale genome assembly of the tomato pathogen Cladosporium fulvum reveals a compartmentalized genome architecture and the presence of a dispensable chromosome

发表时间：2022年12月

发表期刊：Microbial Genomics

影响因子：5.2

组学技术：三代测序Pacbio、HIC

研究结果：

黄枝子菌是一种引起番茄叶霉菌的真菌病原体，本研究结合第三代测序技术与Hi-C染色质构象捕获技术，获得了一个高质量和接近完整的基因组组装和基因注释。所得到的基因组组装包含67.17Mb，被组织成14条染色体(Chr1-chr14)，所有这些染色体都被组装成端粒到端粒。最小的染色体Chr14只有460kb大小，包含25个基因，它们都编码假设的蛋白质。C. fulvum Race 5菌株的基因组重复率为49.7%，包含14690个预测基因，估计完整性为98.9%，目前是二烯类中最高的基因之一。

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参考文献：

Zaccaron AZ, Chen LH, Samaras A, Stergiopoulos I. A chromosome-scale genome assembly of the tomato pathogen Cladosporium fulvum reveals a compartmentalized genome architecture and the presence of a dispensable chromosome. Microb Genom. 2022 Apr.