产品简介 Product Introduction
简化基因组测序是通过限制性内切酶切割基因组DNA，选择特定片段进行测序，相当于全基因组随机挑选部分片段进行测序，相对于全基因组重测序是一种低成本的标记开发技术，常用的简化基因组技术有RAD和GBS等，应用方向有遗传进化研究、全基因组关联分析（GWAS）、QTL定位和分子标记辅助育种等，特别适合大基因组（5Gb以上）和大规模群体研究。
应用场景
1、群体遗传进化，研究进化、环境适应性、驯化和自然选择。
2、基因定位，做GWAS、QTL定位，筛选性状相关候选基因。
3、种质资源鉴定，开发特有分子标记，对特定性状材料进行分子标记辅助筛选。
4、开发分子标记，检测多态性。
分析内容 Analysis Content
以GBS做群体进化和GWAS分析为例
1.测序质量评估
1) 碱基组成与质量分析
2) 数据过滤
3) 过滤信息统计
2.聚类分析
1) reads聚类
2) 聚类结果统计
3) 假基因组序列构建
3.SNP、InDel分析
1) SNP、InDel查找
2) SNP、InDel的统计
4.群体分析
1) 系统发育进化树
2) 群体主要成分分析
3) 群体结构分析
5、全基因组关联分析（GWAS）
1) 简单广义线性模型分析及结果统计（GLM模型）
2) 广义线性模型分析及结果统计（Q模型）
3) 混合线性模型分析及结果统计（K模型）
4) K+Q线性模型分析及结果统计
5) 四种线性模型分析结果统计
6.遗传多样性统计（Private、He、Ho、π、Fis、FST）
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