天津启源生物科技发展有限公司

产品简介 Product Introduction

混合分离分析（Bulked-Segregant Analysis, BSA），用于数量性状定位时又叫QTL-seq，用于质量性状或有主效基因的数量性状的基因定位，在遗传育种方面具有广泛的应用。该方法通过选择两个性状差异较大的亲本进行杂交，得到性状分离的子代群体，从中选择性状表型极端的一定数量的个体进行DNA混池测序。然后计算两个混池在全基因组水平各个位点的基因型频率的差异，来确定与性状相关的QTL所在的区域。

适用群体类型：F2，DH，Ril，BC1F1群体，对亲本和子代极端混池进行测序。

分析流程 Analysis Process

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测序策略 Sequencing Strategy

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分析内容 Analysis Content

1) 测序数据质控

2) 与参考基因组比对统计

3) SNP检测与注释

4) Small InDel检测与注释

5) 关联分析

符合群体类型的标记筛选

SNPindex关联区域定位

ED关联区域定位

Gvalue关联区域定位

Fisher检验关联区域定位

显著关联区域基因功能注释和富集（NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG）

CsUFO参与黄瓜花和卷须的形成

文章题目：CsUFO is involved in the formation of flowers and tendrils in cucumber

发表时间：2021年3月

发表期刊：Theoretical and Applied Genetics

组学技术：BSA+转录组

研究结果：

R1：突变体表型特征和遗传分析（细致的性状调查是成功的第一步）

uft突变体植雄花在花瓣位置有多余的叶状器官（图1）。典型瓣花通常有五个萼片和五个花冠裂片（图1-A2），而uft突变体花有多达13个生殖器官（萼片和叶状器官）（图1-B2）。此外uft突变体的雌雄蕊不能很好地一起生长（图1-B5、B6），以及雄花的萼片、花瓣和雄蕊原基明显发育不正常（图1-B7）。除了有不正常的花瓣和雌蕊外，uft突变体的雌花还在其果柄上长出叶状器官（图1-B4）。除了花器官，uft突变体也有异常的卷须，其顶端被叶状器官取代（图1-B3）。

图1 野生型(A表示)与突变体（B表示）的表型特征

R2：精细定位（图位克隆+BSA双管齐下）

基于163个F₂单株、9对多态性标记，初定位到Chr.1上的20.0cM到30.8cM之间（~2.3Mb），进一步开发多态标记、增加上图个体进一步定缩小到~124kb,共21个候选基因。

重点：通过30个野生型表型的个体DNA混池和30个uft表型的个体DNA混池，再加WD1亲本的高通量测序，基于MutMap+分析策略在候选区间内获得4个候选SNP位点，进一步分析确定标记SNP6241389。

图2 uft的精细定位结果

R3：候选基因的功能、表达水平和亚细胞定位（充分的验证）

突变导致氨基酸编码提前终止，与正常基因相比在C端少300个氨基酸。通过5个UFO以及另外13个MADS-box蛋白序列构建进化树表明UFO在同一科的不同物种中高度保守。qRT-PCR结果表明野生型顶芽中CsUFO高表达，而uft突变体的顶芽中该基因表达显著下调。

图3候选基因CsUFO的结构、保守性与表达分析。

本文将传统图位克隆与BSA相结合，利用高通量测序开发全基因组上最丰富的标记类型--SNP，有效弥补传统标记的缺失实现候选区间进一步缩小。

此外本实验的分析根据诱变类型精准锁定SNP突变类型，实现快速准确定位，大大缩短了定位周期，为后续验证实验争取了宝贵时间，丰满文章！

参考文献

Yue Chen, Haifan Wen et al. CsUFO is involved in the formation of flowers and tendrils in cucumber [J] .Theor Appl Genet. 2021 Mar 19. DOI:10.1007/s00122-021-03811-4.