天津启源生物科技发展有限公司

产品简介 Product Introduction

Hi-C技术是染色体构象捕获（Chromosome conformation capture，简称为3C）的一种衍生技术，是指基于高通量进行染色体构象的捕获，它能够在全基因组范围内捕捉不同基因座位之间的高分辨率空间交互信息，研究三维空间中调控基因的DNA元件。

分析流程 Analysis Process

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测序策略 Sequencing Strategy

测序平台	测序深度	分辨率	研究范围
illumina/BGI	30X	100K	A/B区室
	100X	40K	TAD
	200-300X	10K	loop
	800-900X	1K	loop

分析内容 Analysis Content

（1）有效Hi-C数据量评估；

（2）Hi-C文库之间的相关性；

（3）Hi-C交互信号与距离关系图；

（4）染色体互作分析；

（5）多样本三维结构差异分析（Compartment A/B、TAD、Loop差异鉴定与分析）；

（6）与转录组、甲基化联合分析。

结果展示 Results Display

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Cis和Trans类型比例分布图

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样品的Hi-C数据分辨率图

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样本每条染色体上A/B compartment的互作

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TAD可视化图

葡萄中的开放染色质标记候选CREs与其他染色质特征一起共同与基因表达相关

文章题目：Open chromatin in grapevine marks candidate CREs and with other chromatin features correlates with gene expression Fruit

发表时间：2021年7月

发表期刊：The Plant journal

影响因子：6.4

组学技术：Hi-C、ChIP-seq、ATAC-seq、RNA-seq、DNA甲基化测序

研究结果：

葡萄是一种重要的经济作物，也是研究染色质动力学的有用模型。与拟南芥的小而相对简单的基因组相比，葡萄藤包含487Mb的复杂基因组，表现出广泛的转座元件定植。研究者使用Hi-C、ChIP-seq和ATAC-seq分析染色质特征与31845个葡萄藤表达基因的相关性。ATAC-seq揭示了超过16000个开放染色质区域并对其中近5000个可能的远端增强子进行了展示，这些候选增强子在转录起始位点 (TSS)上下2kb的基因间，并且经过Motif分析，研究者在这些区域确定了480多个转录因子 (TF) 结合位点，其中TCP家族蛋白的结合位点丰度最高。这些开放染色质区域通常距离它们最近的启动子15kb以内，GO富集分析表明它们最近的基因显著富集有TF活性。经由Hi-C互作分析，研究者发现TSS上游2kb以上的候选顺式调节元件 (cCRE) 的位置在活性核区室中，同时还发现H3K4me3、H3K4me1 和 H3K27ac的富集与基因表达相关。综上，ATAC-seq鉴定的基因间开放染色质区域可被认为是葡萄藤中顺式调控区域的潜在候选区。该研究强化了一种有价值的农作物的特征，并有助于阐明对独特植物生物学的理解。

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葡萄藤嫩叶中活性和非活性区室

参考文献：

Schwope R, Magris G, Miculan M, et al. Open chromatin in grapevine marks candidate CREs and with other chromatin features correlates with gene expression[J]. The Plant Journal, 2021.