天津启源生物科技发展有限公司

产品简介 Product Introduction

全基因组关联分析（Genome wide association study，GWAS）是对多个个体在全基因组范围内的遗传变异（标记）多态性进行检测，获得基因型，进而将基因型与可观测的性状即表型，进行群体水平的统计学分析，根据统计量或显著性p值筛选出最有可能影响该性状的遗传变异（标记），然后利用标记与功能基因的连锁不平衡关系，挖掘与性状变异相关的基因的过程。

样品要求和注意事项

1、自然群体和家系群体均可，以自然群体为主，不出现群体分层

2、在相同的环境下种植，确保性状调查结果的可靠性

3、建议群体规模在200份以上

分析流程 Analysis Process

图片.png

分析内容 Analysis Content

1. 测序数据质控

2. 与参考基因组比对

3. SNP检测与注释

4. InDel检测与注释

5. 基于SNP的群体结构分析（样本数目>10个）

1) 群体进化树构建（NJ树）

2) 群体结构分析（Admixture）

3) 群体主成分分析（PCA）

4) LD衰减分析

6. SV检测（测序深度较高，15X以上时）

7. CNV检测（测序深度较高，15X以上时）

8. 小变异与性状的全基因组关联分析

9. SV与性状的全基因组关联分析（测序深度较高，15X以上时）

10. CNV拷贝数与性状的全基因组关联分析（测序深度较高，15X以上时）

11. 选择清除分析

结果展示 Results Display

系统进化树

交叉验证错误率折线图

样本遗传组成柱状图

GWAS关联分析曼哈顿图

候选基因功能富集

全基因组关联分析揭示了一种由双TIR结构域蛋白介导的棉花抗病新途径

文章题目：Genome-wide association analysis reveals a novel pathway mediated by a dual-TIR domain protein for pathogen resistance in cotton

发表时间：2023年

发表期刊：Genome Biology

组学技术：群体重测序GWAS+转录组

研究结果：

在安阳和石河子两种不同环境下，对陆地棉G. hirsutum种质资源进行了VW抗性表型的采集，以确定陆地棉对VW抗性的基因位点。采用DP和DI来评估面板中每个加入物的VW抗性，AYDP和SHZDP分别代表安阳和石河子的DP，AYDI和SHZDI代表安阳和石河子的DI，Pearson相关分析显示4个性状之间相关性较强。

GWAS分析发现从A10、A13、D03和D07中鉴定出4个基因座：AYDP1、AYDP2、AYDP3和AYDP4；对于SHZDP，分别从A08和A10中鉴定出2个位点：SHZDP1和SHZDP2；对于AYDI和SHZDI，分别检测到3个和5个位点。AYDP1、AYDP2和AYDP3与先前报道的与VW或黄萎病抗性相关的QTL区域重叠。SHZDI1与SHZDP2和AYDP1共定位，SHZDI3与AYDP4共定位，AYDI3与AYDP2共定位，为靶向基因型选择提供了重要的位点。

黄萎病抗性渐渗片段候选基因SHZDI1/SHZDP2/AYDP1的鉴定

研究人员通过对419份陆地棉的全基因组关联分析，鉴定出10个与黄萎病抗性相关的基因位点。其中，来自A10染色体的SHZDI1/SHZDP2/AYDP1位点位于来自亚洲棉（Gossypium arboreum）的渐渗片段上。

参考文献

[1] Zhang Y , Zhang Y , Ge X ,et al.Genome-wide association analysis reveals a novel pathway mediated by a dual-TIR domain protein for pathogen resistance in cotton[J].Genome Biology, 2023, 24.DOI:10.1186/s13059-023-02950-9.